A mai Múzeum körút 14–16. szám alatti, 8700 négyszögöl nagyságú telket 1813-ban vásárolta meg az állam a Batthyány családtól, a Magyar Nemzeti Múzeum számára. A múzeum gyűjteményei ideiglenesen a területen álló – korábbi érseki – palotába kerültek. 1847-re készült el a ma is álló Pollack Mihály tervezte impozáns klasszicista múzeumépület. Környezete azonban 1855-ig csupasz „küludvar”-ként várta a rendezést. Parkosítására már Pollacknak is voltak konkrét elképzelései, 1848 elején pedig Muszely Károly pesti műkertész nyújtott be rá terveket.
A forradalmi események, melyek fontos színhelye volt a múzeum előtti tér, elsodorták ezeket a terveket és csak a szabadságharc leverése után kerülhetett újra napirendre a Múzeumkert ügye. Mivel az állam nem nyújtott e célra támogatást, társadalmi összefogásból kellett előteremteni a parkosítás szükséges anyagi hátterét. Az 1852-től evégett életre hívott „kertalap” javára a Nemzeti Múzeum dísztermében hangversenyeket tartottak. (Az 1850-es években így vált a Múzeum a főváros első számú koncerthelyszínévé.) A gyűjtésből származó pénzből már 1852-ben felépült a ma is álló kertészház, a következő évben pedig Petz Ármin, az Orczy-kert főkertésze elkészítette a múzeum körüli terület angolkerti tervét. Az első fákat 1855. november 24-én ültették el ünnepélyes keretek között. A korabeli sajtó egyik fontos orgánuma, a Budapesti Hírlap november 26-i számában a következőképpen tudósított e jeles eseményről: „Tegnapelőtt u. m. szombaton ment véghez a nemzeti múzeum udvarán állítandó kert vagy sétatér ugy mondható felavatása. Miután a szükséges földmunkálatok és földtöltések befejeztettek, az írt napon dél tájban történt több előkelő hivatalnokok (közöttük pestmegyei főnök Kapy Ede és pesti polgármester Krászonyi József urak,) tudósok és vendégek jelenlétében a város e részének diszére leendő sétatér első élőfáinak ültetése, mely alkalommal muzeumi igazgató cs. k. tanácsos Kubinyi Ágoston úr e kis ünnepély czéljának megfelelő beszédet mondott, minek végével a jelenlévők az elültetett fákat megöntözték. Ezt követte egy vídám s magyar vendégszeretettel fűszeres ebéd a nemzeti múzeumigazgató urnál, mire az említett társaság meghíva volt.” Más újságok híradásaiból azt is tudjuk, hogy a kert első fáit a mai Múzeum körút és Bródy Sándor utca sarkán lévő kertrészben ültették el, majd a Kortsák József pesti bádogosmester által külön erre az alkalomra készített díszes öntözőkannával locsolták meg. Az ünnepségen a kor „jelesei” közül megjelent például Eötvös József és a fiatal Podmaniczky Frigyes is.
A kert telepítése Kallina Henriknek, a múzeum első kertészének vezetésével folyt és 1857-ben fejeződött be. Az első fákat a Margitszigetről hozták, majd Egressy Sámuel 1000 facsemetét indított útnak kiskunlacházi birtokáról 12 társzekéren. A legszebb hársfákat báró Sina Simon küldte gödöllői uradalmából.
A Múzeumkert végleges alakját 1880-ban nyerte el, amikor a Múzeum körút kiszélesítése során 264 négyszögölnyi területet kihasítottak az úttest számára. A kerítést, amely 1865-ben készült el Ybl Miklós tervei szerint, ekkor helyezték beljebb. Nagyobb rendezésére később 1952–1953-ban, 1973-ban és legutóbb 2017–2018-ban került sor. A kert kezelését 1953-ig a Múzeum látta el, azóta a FŐKERT (korábban: Budapesti Parkfenntartó Vállalat) végzi a kertészeti munkákat.
A Magyar Nemzeti Múzeum kertje a nevezetes március 15-i forradalmi nagygyűlésen kívül számos fontos társadalmi esemény színhelye volt: tartottak itt választójogi gyűlést, sztrájkgyűlést, temetési szertartásokat, március 15-i és más ünnepi megemlékezéseket. De a „Muzi” nemcsak nagy események színhelye, hanem a hétköznapok kedvelt pihenőparkja, a gyerekek kedvenc játszóhelye is volt mindig. Az utóbbi két évtizedben pedig fesztiválhelyszínné (is) vált: 1996 óta ugyanis minden év májusában itt tartják a hazai és határon túli múzeumok találkozóját, a Múzeumok Majálisát.
Slowikowski Ádám színes litográfiája, 1865
a Múzeumkert avató ünnepsége alkalmából adott ebédre, 1855. november 18.
az 1848. évi forradalom és szabadságharc 50. évfordulóján, 1898. március 15.
1900 körül
1932. június
1945 előtt
1956 novemberében
az Arany János-szobor két oldalán ötágú vörös csillagot formázó növényekkel