A középkori lapidárium a múzeum földszintjén, az alsó rotondában, a büfében, és a hozzájuk csatolt terekben került elhelyezésre, melyet a látogatók egy csigalépcsőn leereszkedve érhetnek el. Itt betekintést szerezhetünk Magyarország 12-17. századi kőemlékeinek világába. A jobb lépcsőn lejőve az Árpád-ház által támogatott egyházi központok, Esztergom, Székesfehérvár, Dömös egy-egy emlékét láthatjuk, míg a rotonda további melléktereiben magyar és idegen eredetű: itáliai, német, szláv, zsidó lovagi és polgári sírkövek követik egymást, amit néhány turbános török sírkő, valamint a haranggyűjtemény néhány emléke zár le. A rotondában és a büfében építészeti emlékek, elsősorban Székesfehérvár és Dömös templomainak a faragványai, valamint a vajdahunyadi Hunyadi vár címeres domborműveinek másolata között pihenhet meg a fáradt látogató, elmerengve a magyar történelem viharos századain.