A Magyar Nemzeti Múzeum Régészeti Állatcsont Gyűjteményét a Régészeti Osztály ötödik önálló gyűjteményeként 1953-ban Bökönyi Sándor hozta létre. A gyűjtemény alapját az akkor folyó régészeti ásatásokból származó és az Őskori Gyűjteményből átadott állatcsont-maradványok alkották. A Gyűjteményben 388 lelőhely 78 513 darab állatcsont található.
A legrégebbi leletek Magyarád (1869–70), Szihalom (1870), Kiskevély barlang, Pusztaszentjános (1887) lelőhelyekről származnak.
A gyűjteményben két külföldi ásatás Abdallah Nirqi (Nubia, 1964), és Hana (Észak-Mongólia 1963) állatcsont-anyaga található.
A Magyar Nemzeti Múzeum Régészeti Állatcsont Gyűjteménye az elmúlt tizenkétezer év összes – Kárpát-medencében élt – nagy vademlős fajból őriz maradványokat. Emellett a gyűjtemény részét képezi az egykor itt élt népek és a magyarság – ásatásokból származó – legteljesebb háziállat-csontleleteinek dokumentációs anyaga is.
2004-ben adományozás révén került a gyűjteménybe Kretzoi Miklós összehasonlító madár, és emlős-csontanyaga.
