A Modernkori Főosztály látszólag intézményünk a legújabb szervezeti egysége, hiszen 2022-ben a Történeti Tár keretei közül vált ki, ám története 1957-ig, a Legújabbkori Történeti Múzeum megalakulásáig nyúlik vissza. A Legújabbkori Történeti Múzeum (később: Munkásmozgalmi Múzeum) a rendszerváltoztatást követően megszűnt, és 1991-től gyűjteményi struktúrája a Magyar Nemzeti Múzeum keretei között él tovább. E főosztályt később, 2003-ban összevonták az Újkori Főosztállyal, ebből alakult meg a Történeti Tár, amely szervezeti egységet 2022-ben megszűntette intézményünk új Szervezeti és Működési Szabályzata, és a két főosztály ismét önálló egységként működik, a Történeti Gyűjteményi Igazgatóság alá vonva.

A Modernkori Főosztály a történelmi Magyarország 19. század második felétől napjainkig terjedő időszakából származó, a magyar történelmi és művelődéstörténeti folyamatokhoz, eseményekhez kapcsolódó, a kiemelkedő magyar történelmi személyiségekhez kötődő emlékek, relikviák, tárgyi és írásos forrásanyagok gyarapítása, nyilvántartásba vétele, őrzése, tudományos feldolgozása, a közművelődés és a kutatás szolgálatába állítása.