A múzeum 1965-ben nyitotta meg kapuit Semmelweis Ignác szülőházában. Az állandó kiállítás gerincét a nyugati medicina történetének bemutatása adja, de része a 19. század hangulatát idéző Semmelweis Emlékszoba és egykori Szent Lélek Patika rekonstruált enteriőrje. Az intézményhez tartozik a budavári Arany Sas Patikamúzeum.​

A Semmelweis Orvostörténeti Múzeum, Könyvtár és Levéltár az elmúlt évtizedben a magyar muzeológia és az európai medicinatörténet megkerülhetetlen intézményévé vált. A gyűjtemény kvalitásával és nagyságával, a múzeum vándorkiállításaival, a muzeológusok előadásaikkal, az intézmény programjaival olyan elismeréseket érdemelt ki, mint az Év Múzeuma-díj, az Év Múzeumpedagógiai Programja, a Millenniumi Díj, miközben a Semmelweis-doktrína 2015-ben bekerülhetett az UNESCO Világemlékezet programjába.